電光源生物顯微鏡的分辨率又叫鑒別率或分辨本領。所謂分辨率是指顯微鏡分辨被檢物體細微結構的能力。它與分辨距離成反比。分辨距離是指能被分辨開的兩物點間的小距離。分辨距離越小，顯微鏡的分辨率越高。如果兩物點間的距離小于分辨距離，就會把兩點誤看成一點，無法看清其結構。顯微鏡的分辨率是由物鏡決定的。目鏡只起放大作用，不能增加顯微鏡的分辨率。

　　在普通中心照明的情況下，物鏡的分辨距離ｄ由下式決定：

　　ｄ＝（λ/2）N.A.；

　　式中：ｄ表示分辨距離，單位是微米，λ表示照明光線的波長，單位也是微米。

　　在可見光中，亮度大而且對人眼敏感的波長為0.55μm，物鏡大的N.A.為1.4。代入上式可得ｄ近似為0.2μm。即，使用普通光學顯微鏡，在中心照明的情況下，分辨距離的極限為0.2μm。也就是說，小于0.2μm的兩物體，普通光學顯微鏡無法區分。

　　使用紫外線可減小照明光線的波長，能使分辨距離達到0.1μm。但因紫外線不能為人眼所見。只能拍成照片后再觀察。電子流的波長只有0.00387nm。利用“電子透鏡”或磁透鏡來控制電子流，所制成的電子顯微鏡的分辨距離達零點幾nm。可以用它去觀察原子的結構。